癲癇的治療一般以藥物為主，大多數的病人在一種癲癇藥物的控制下，都可以維持不發作。33 % 左右的病人，即使加上第二種藥物或第三種藥物都無法得到很好的控制，在這種情形下，若是發作形態又是會影響病人生活品質及安全者，尋求藥物以外的治療是必要的。利用外科手術癲癇來治療癲癇目前已經很成熟，研究也證明頑固型癲癇用手術治療對癲癇控制優於藥物治療方式，目前可利用的手術有切除手術、大腦半球切除術、胼胝體切開術、軟腦膜下橫切術、迷走神經電刺激術，及深部電極電刺激術……等。
切除手術
對於癲癇病灶位置確定的個案，可以針對該致癲癇位置作切除，切除的部位必須是不會造成病人嚴重神經缺損。此方法為所有癲癇手術中達到癲癇不發作率最高者。手術前的檢查一般包含長時間錄影腦波監測、腦部核磁共振、其他功能性影像檢查及神經心裡評估。切除手術可分為顳葉切除及顳葉外切除。
顳葉切除
在成人以海馬回硬化為多，較早期的切除為顳葉皮質部分由前端往後切除4.5～6公分，合併把海馬及杏仁核去除。近年來為保存更多的認知功能，對於左側海馬回硬化且顳葉皮質正常的病人，可考慮選擇性的杏仁海馬切除，在詳細的術前評估後，顳葉切除可達到5年內癲癇不再發作的比率為66%～70%。
顳葉外切除
顳葉以外皮質切除則有36%～76% 的治癒率，在切除後仍控制不良的1%～10%的病患，在進一步評估後，可以考慮第二次切除，切除後大約39%～75%可以癲癇不再發作。
顳葉外切除，為更精準確定病灶，有部分病人可能需做硬腦膜下電極板植入，放置約一週，住院觀察，直接在腦皮質上記錄腦電波，並做電刺激定位欲切除部位是否有運動或語言的功能，然後再進開刀房做完整的切除。
胼胝體切開術
胼胝體切開術是針對無法直接切除癲癇病灶（例如有多個病灶，或病灶位於不得切除之重要功能部位）之患者，以減輕癲癇發作程度為目標。
為藉由分離胼胝體來避免兩大腦癲癇發作傳播，並非把癲癇放電病灶去除，實為一輔助性手術，依據本院發表的結果，全般型發作約80%病人可以有80%的減少，而對於局部癲癇或失神性癲癇，則有50%的減少。
迷走神經電刺激術
迷走神經電刺激術是針對無法直接切除癲癇病灶（例如有多個病灶，或病灶位於不得切除之重要功能部位）之患者，以減輕癲癇發作程度為目標。
1997年FDA核准迷走神經刺激器用來治療部分型癲癇，至今全世界已經有數千人接受治療，作用機轉不明，一般認為經由迷走神經內輸入的神經對腦部作一調節的作用，雖然效果不是立即出現，但是確實對於癲癇發作的次數可以有明顯的減少。
迷走神經電刺激術是將電極纏繞於左側迷走神經上，讓埋於胸口皮下之放電器（似人工心臟節律器）定時定量放電，藉生物回饋方式來抑制癲癇病灶放電。
多重軟腦膜下切斷術：
多重軟腦膜下切斷術是將該癲癇病灶所在之大腦皮質以特製手術刀垂直畫下約1公分深之傷口數刀，使癲癇放電波無法傳遞至臨近大腦皮質，中斷其協振之機會。
大腦半球切除術：
當有多個病灶為於同一大腦半球上， 直接切除該大腦半球，以根除癲癇為目標。無論何種方式，成功的機會來自於術前完善的評估，手術前定邊定位癲癇病灶的精確，才能增加手術成功的機會。